Л-карнитин учествува во преносот на масни киселини низ липидната фаза на мембраната на митохондриите каде се одвива негова бета оксидација и ослободување на енергија.
Л-карнитин има битно влијание врз процесот на оксидација на масните киселини и добивање на енергија во облик на ATP (adenozin trifosfat), кој дава неопходна енергија на организмот, а посебно на скелетните мускули и срцевиот мускул.

Во случај на дефицит на Л-карнитин во организмот, мастите не се искористуваат за создавање на енергија, туку се повеќе се таложат во вид на поткожно масно ткиво. Покрај зголемените масни наслаги, недостаток на Л-карнитин предизвикува и замор. Во текот на спортските активности Л-карнитин го зголемува енергетското ниво и прагот на издржливост на организмот и му помага да го преброди тренингот.

Телото повеќе користи масти за добивање на енергија, со што го штеди гликогенот и се редуцира насобирање на млечна киселина во мускулите, а со тоа се продолжува и зголемува капацитетот на вежбањето пред појава на замор.

Л-карнитин го подобрува тонусот на срцевиот мускул и функцијата на срцето, го стимулира снабдевањето на срцето со енергија и ја подобрува работата на кардиоваскуларниот систем.
Л-карнитин ја стимулира секреторната функција на панкреасот и покажува позитивно влијание врз сперматогенезата и подвижноста на сперматозоидите.